ConverterHub

GC İçeriği Hesaplama

Bir nükleotid dizisinin GC içeriğini ve baz bileşimini bulun.

Sonuç

%45,00
%55,00
20
9

Nasıl hesaplanır?

GC içeriği, bir dizideki bazların ne kadarının guanin (G) veya sitozin (C) olduğunu gösterir: GC % = (G + C) ÷ (A + T/U + G + C) × 100. Araç tüm boşlukları siler, diziyi büyük harfe çevirir ve A, C, G ile T veya U harflerini sayar; böylece hem DNA hem RNA çalışır (U, T ile birlikte sayılır). N gibi diğer karakterler, rakamlar, tireler veya FASTA başlık metni yok sayılır ve uzunluğa katılmaz. Araç GC %, AT %, geçerli baz sayısı ve G + C sayısını bildirir. Yalnızca dizinin tamamı çözümlenir; kayan pencere yoktur, bu yüzden yerel GC bakımından zengin bölgeler ortalamada kaybolur.

Örnek hesaplama

20 bazlık ATGCGCGATATTAGCGCTAA dizisini alalım. Bazları sayarsak: G 5, C 4, A 6 ve T 5 kez geçer; toplam 20 geçerli baz. G + C = 5 + 4 = 9. GC içeriği = 9 ÷ 20 × 100 = %45,00. AT içeriği kalan %55,00'tir. Bu aralıktaki bir değer orta düzeyde dengeli bir dizi için tipiktir.

Bu örneği dene →

Sık yapılan hatalar

  • FASTA başlık satırını (> ile başlayan) diziyle birlikte yapıştırmak. Başlıktaki adda A, C, G veya T harfleri varsa sayılır ve sonucu bozar; yalnızca bazları yapıştırın.
  • N gibi belirsizlik kodlarının sayılmasını beklemek. Yalnızca A, C, G, T ve U sayılır; bilinmeyen bazlar paydayı sessizce küçültür.
  • Tüm genom veya uzun bir gen için bulunan değeri kısa bir primer için de geçerli sanmak. GC içeriği molekül boyunca değişir ve dizinin tamamının ortalaması yerel farkları gizleyebilir.
  • Erime sıcaklığını yalnızca GC %'ye bakarak tahmin etmek. Bu yalnızca bir etkendir; uzunluk ve diziliş sırası da önemlidir.
  • Protein dizisi girmek. A, C, G ve T harfleri amino asit de olabilir; araç anlamsız bir sayı verir.

Bu hesaplama hakkında

Bu hesaplayıcı, bir DNA veya RNA dizisinin GC içeriğini bulur — adenin ve timin/urasil (A/T-U) yerine guanin (G) veya sitozin (C) olan bazların yüzdesi: GC% = (G+C) / toplam baz × 100. G, C ile üç hidrojen bağıyla eşleştiğinden (A-T'de ise iki bağ vardır), yüksek GC içeriği genellikle daha kararlı ve daha yüksek erime sıcaklığına sahip bir çift sarmal anlamına gelir.

Moleküler biyologlar GC içeriğini PCR primerleri tasarlamak, laboratuvar protokolleri için bağlanma (annealing) sıcaklığını tahmin etmek, türler arası genom bileşimini değerlendirmek ve olası dizileme veya birleştirme sorunlarını tespit etmek için kullanır; çünkü aşırı GC içeriği (çok yüksek veya çok düşük) doğru dizilemeyi zorlaştırır. Bir DNA veya RNA dizisini yapıştırarak GC yüzdesini ve tam baz bileşimi dökümünü alın.

Bu faydalı oldu mu?

En fazla 3 tepki seçebilirsiniz.

Yorumlar

  • İlk yorumu siz yazın.

Popüler hesaplayıcılar

Kredi Hesaplama

Aylık taksit, toplam faiz ve ödeme planını hesaplayın.

Yüzde Hesaplama

Yüzde değişim, indirim ve oran hesaplamaları.

İndirim Hesaplama

İndirimli fiyatı, kazancı ve indirim tutarını hesaplayın.

Vücut Kitle Endeksi (VKİ)

Boy ve kiloya göre vücut kitle endeksini hesaplayın.

Yaş Hesaplama

Doğum tarihinden bugüne tam yıl, ay ve gün cinsinden yaşınızı hesaplayın.

Bileşik Faiz Hesaplama

Ana para, faiz oranı ve süreye göre bileşik faizle nihai tutarı hesaplayın.

Tüm Hesaplayıcılar